Omdat een payrollmedewerker juridisch in dienst is bij het payrollbedrijf, verzorgt het payrollbedrijf de loondoorbetaling en begeleiding bij ziekte, verzuim en re-integratie. 

Hoeveel loon wordt doorbetaald, hangt onder andere af van de toepasselijke arbeidsvoorwaarden en cao. Een payrollmedewerker heeft daarbij recht op dezelfde loondoorbetaling bij ziekte als een vergelijkbare medewerker bij het bedrijf waar hij of zij werkt.